霍乱弧菌新发菌株中<italic style="font-style: italic">vipA</italic>，<italic style="font-style: italic">vipB</italic>和<italic style="font-style: italic">clpV</italic>对T6SS转录调控

吴文轩; 郭扬; 张幸鼎; 赵文婧

doi:10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0110

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霍乱弧菌新发菌株中vipA，vipB和clpV对T6SS转录调控

基础研究 | 更新时间：2024-02-19

- 霍乱弧菌新发菌株中vipA，vipB和clpV对T6SS转录调控
- Transcriptional Regulation of T6SS by vipA，vipB and clpV in the New Pandemic Vibrio cholerae Strain
- 中山大学学报（医学科学版） 2022年43卷第1期页码：77-85
- 作者机构：
  
  中山大学医学院，广东深圳 518107
- 作者简介：
  
  吴文轩，硕士生，研究方向：病原生物学，E-mail ： wuwx35@mail3.sysu.edu.cn
- 基金信息：
  
  国家自然科学基金(3190010294)
- DOI：10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0110
  中图分类号： Q78
- 收稿：2021-10-25，
  
  纸质出版：2022-01-20
- 稿件说明：
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吴文轩,郭扬,张幸鼎等.霍乱弧菌新发菌株中vipA，vipB和clpV对T6SS转录调控[J].中山大学学报（医学科学版）,2022,43(01):77-85.

WU Wen-xuan,GUO Yang,ZHANG Xing-ding,et al.Transcriptional Regulation of T6SS by vipA，vipB and clpV in the New Pandemic Vibrio cholerae Strain[J].Journal of Sun Yat-sen University(Medical Sciences),2022,43(01):77-85.
吴文轩,郭扬,张幸鼎等.霍乱弧菌新发菌株中vipA，vipB和clpV对T6SS转录调控[J].中山大学学报（医学科学版）,2022,43(01):77-85. DOI： 10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0110.

WU Wen-xuan,GUO Yang,ZHANG Xing-ding,et al.Transcriptional Regulation of T6SS by vipA，vipB and clpV in the New Pandemic Vibrio cholerae Strain[J].Journal of Sun Yat-sen University(Medical Sciences),2022,43(01):77-85. DOI： 10.13471/j.cnki.j.sun.yat-sen.univ(med.sci).2022.0110.

摘要

目的

探索霍乱弧菌新发菌株H1的六型分泌系统（T6SS）存在的转录调控机制。

方法

本研究以转录组测序为基础，分析H1株分别由于

vipA

敲除（H1Δ

vipA

），

vipB

敲除（H1Δ

vipB

）和

clpV

敲除（H1Δ

clpV

）时T6SS基因簇的转录水平，并对其差异基因进行了基因本体论（GO）富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集。

结果

发现H1Δ

vipA

有22个差异基因（FDR

0.01，|log

FC|≥1），其中有18个属于T6SS基因簇；并且除

vipA

外，其转录水平均呈上升趋势。结合GO富集和KEGG富集结果，发现

vipA

的缺失会引起与霍乱弧菌群体感应相关基因（

hapR

）的转录水平显著降低。

结论

我们得出结论

vipA

基因在霍乱弧菌H1菌中是一个具有多重功能的基因，一是编码T6SS鞘结构蛋白，二是参与T6SS调控；推测

hapR

可能参与H1株中

vipA

对T6SS基因簇的转录调控。

Abstract

Objective

To explore the transcriptional control mechanism of type Ⅵ secretion system （T6SS） in the new strain of

Vibrio cholerae

H1.

Methods

This study was based on transcriptome analyzed the transcription level of T6SS gene clusters of H1 strain separately knockout

vipA

（H1Δ

vipA

），

vipB

（H1Δ

vipB

） and

clpV

（H1Δ

clpV

）， and carried out Gene ontology （GO） enrichment and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（KEGG） enrichment of the differential genes.

Results

It was found that there were 22 differential genes （FDR

0.01， |log2FC|≥1） in H1Δ

vipA

， 18 of which belong to the T6SS gene cluster， and besides

vipA

， the average transcribed level showed an upward trend. Combined with GO enrichment and KEGG enrichment results， it was found that the absence of

vipA

decreased the transcription levels of the quorum sensing gene （

hapR

）.

Conclusions

We concluded that the

vipA

gene is a multi-functional gene in

Vibrio cholerae

H1， one is encoded T6SS structure protein and the other is taken apart in T6SS regulation，and we speculate

hapR

may have a role to play in the transcription regulation of T6SS gene clusters by

vipA

in H1 strain.

关键词

Keywords

references

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